Ismerd meg Sophie, a fiatal önjelölt alkimista történetét, aki hozzájut egy misztikus könyvhöz, amely nem csak az alkímia minden titkát tartalmazza, de kiderül, hogy beszélni és mozogni is tud! A saját személyiséggel rendelkező könyv a lány mentora lesz, akivel Sophie egyre nagyobb sikereket ér el, mindeközben pedig együtt megpróbálják kideríteni a kötet eredetének furcsa történetét. Az Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book egy újabb imádni való történetet mesél el, ami számtalan szerethető szereplővel, rengeteg tárgykészítéssel, valamint a klasszikus körökre osztott JRPG-k játékmenetével társulva nyújt egyedi élményt.