Az Alpha Protocol egy nagyon modern kémtörténet, játékstílusát tekintve pedig akció-kaland, jellegzetes szerepjáték elemekkel, a James Bond sztorik és a politikai thrillerek hangulatával.
A főszereplő fiatal ügynök nyakába - így a játékoséba is - nem kisebb feladat hárul, mint egy nemzetközi politikai katasztrófa elhárítása. Ennek során gyakran kell olyan döntéseket hoznia, melyek a saját sorsán túl a küldetés alakulását is befolyásolhatják - néha kedvezőtlenül. Bizonyos helyzeteket és küldetéseket fegyverrel, másokat inkább csellel kell megoldani a siker érdekében. Az Alpha Protocolt a kiadó 'kémszimulátorként' jellemzi.